小智一行人决定前往绿岭市的途中，也是精彩纷呈，遇到了不少有趣的事情。

　　在伊吕波三岛，意外遇到了前来调查珍珠贝为何在特定岛上，指挥进化成猎斑鱼或樱花鱼的谜题的小田卷博士。

　　对此，小智虽然知道这件事情，但他还是选择做一个倾听者。而且无论是猎斑鱼或者樱花鱼，他都不感兴趣。

　　根据博士的研究，解开进化的秘密的关键，在于深海之牙与深海之鳞上，于是小智等人为了解开海底谜题，与岛上的因为观念不同却又相互喜欢对立进化型的奈美子小妹妹和菊间小弟弟一起前往古老传说中的洞窟探索。

　　最终在两座岛屿上，分别找到了深海之鳞和深海之牙，奈美子的珍珠贝进化成了樱花鱼，菊间的珍珠贝进化成了猎斑鱼，随着这两个神奇宝贝------------为防止盗用内容，小说分三个站点存放，请前往分站继续观看,分站链接在首页最下方----------上架代表有后续内容，但暂时不更新，如需继续更新请评论留言-------