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当然，也有很多人表示，虽然剧情好看，但对于结局不太理解，尤其是鹿目圆香怎么会“魔化”这一点，觉得有点不可思议，这个问题无论是在网上还是现实中影响都很大。
而最终，有一位超级《魔法少女小圆》的粉丝给出了自己的答案。
【其实反叛结局可以通过本篇结局非常符合原作世界观设定来解释，原因有三点：
1. 首先需要理解小圆中成神/魔的条件设置其实非常简单，圆神成神是因为圆神实现了一个违反因果的愿望，这个愿望成为了宇宙的一个新概念，成为塑造宇宙因果的一个起点。实际上这就是神的力量。
2. 其次要理解本篇最后圆神新世界的规则用的是圆神神话：“我要在所有魔女诞生前将其消灭，包括所有宇宙、过去和未来的魔女，都由我亲手消灭。”“至今为止与魔女战斗的大家，相信希望的魔法少女们，我不希望你们哭泣，希望你们最终都能保持笑容。根据这个愿望，我会破坏它，改变它。这就是我的祈祷，我的愿望。”
所以规则就是圆神亲手消灭所有的魔女，请特别注意后面的那段补充说明。虽然这段说明不属于规则本身（因为前面说完时圆神SG已经发光了），但这段文字明确表达了圆神决定通过何种方式来“消灭”魔女。消灭的手段有很多种，杀戮是最直接的手段，但圆神希望的是“让大家最终都能保持笑容”，所以圆神所采用的手段是净化即将变成魔女的魔法少女内心的绝望，并从自身承担过来。对这一设定最直接的证据在于新世界中的蓝发被圆神接手后的一段短暂时间里，圆神让蓝发看到蓝发牺牲带给上条恭介能够自由拉小提琴的未来，蓝发回想起自己最初的希望破灭，绝望得到净化后被圆神接走。因此，圆神是通过将魔法少女对世界美好的因果展现给她们，净化掉少女们的绝望来消灭魔女（同时消灭少女自身，以维持世界的平衡）。
3. 最后需要理解焰在新世界的特殊性，焰在圆神创造的新世界中是一个独一无二的存在。正如焰在叛逆中一直提到的，在新世界中有小圆记忆的人是不合常理的存在，因为小圆是“即不存在于过去的记忆中，也不会出现在未来的可能性中的少女”（QB语）。而焰存在，却没有忘记小圆，这正是在本篇最后圆神提到让焰去相信“真正的奇迹”（以及订婚信物红绳的功劳，请一定擦掉那个...）。于是新世界的焰既是魔法少女，又没有忘记小圆，没有忘记她的初心。
因此，圆神来接焰，其实是正常地去实现焰的愿望结束期盼，结果焰的愿望——保护小圆——根本不在这个世界，因为小圆已经脱离了这个世界的因果，不可能存在。
此时焰其实是有选择的，放弃自己的愿望跟圆神走完全是可能的，但叛逆之前的全部剧本就是为了铺垫此时的焰会再次不放开你的手”的心情，就让我借用你的神力来实现这个反叛世界的心愿吧。于是圆人格和神格被分离，作为人的圆再次回到了这个世界。
总结起来，圆在本篇中因为焰不断的轮回获得了超越因果的力量，而焰在叛逆中借用了圆神的力量实现了自己的超越因果的愿望，多么精妙的结局。整体来说，本篇讲述的是圆的成长，而叛逆则是以焰为主角讲述焰的成长。】
这篇帖子得到了很多人的点赞，也有一些网友给出了补充解释。
【如果说圆神的愿望对于因果律的背叛可以算作有因无果——少女们同意违背常理的希望却不会终结于无限的绝望；那么焰的愿望却是无因之果——一个在这个世界不可能存在的少女可以在这个世界生存并被焰保护。
虽然两人都是为宇宙带来了全新的概念，但焰的形式与圆神仍有区别。
圆神带来的新概念是一个有着明确表达规则的概念，一切都要遵循这个规则，以至于圆神自身也因此无法存在于那个世界。
而焰带来的概念——从自身出发保护“圆”这个存在，却是相当模糊的，因为此时焰修改世界的能力实在太大，为了“保护圆”这个出发点可以打破一切规则。后续剧情也确实反映了这一点，小圆原本的人生经历被改变，身边也不会有魔法少女存在来影响她的日常生活，QB一族在宇宙中的位置也被彻底改变等等。
不过，模糊的概念虽然强大，但也正因为它的模糊性使得这个概念在焰的宇宙中并不稳定。这也是导致在片尾部分人格圆差点与神格圆再次合为一体的原因之一。因此将焰定义为与圆一样的神仍然有些不合适，恶魔焰这个帅气的名字其实还是很适合她的。】
剧情中可以讨论的东西实在是太多了，比如还有人从哲学宇宙论和本体论的角度入手解释关于小圆世界的各种规则......
总之，有话题就有热度，更不用说像《魔法少女小圆》这样仿佛有说不完的话题的动画，伴随着这种永不消散的话题性质，小圆所带来的经济价值也越来越高，甚至最终被列入粉红经济学教科书的经典案例，使这部小圆动画真正成为了传世经典动画，而他的创作者鬼才新房昭之，也被很多人封神，动漫之神！
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